公元2000年，南极发生了大爆炸，冰封的大陆在一瞬间融化，引起世界海洋水位上涨甚至海啸，淹没了地球上的很大一部分陆地，随后，内战、民族纷争、自然灾害接踵而来，人类因此灭亡了一半。这次灾难被称为“第二次冲击”（The SecondImpact)。在圣经《创世纪》记载中，神用洪水毁灭一切生物，只是指示挪亚制造方舟带上一家人和地球上的部分生物以重建家园，这被称为“第一次冲击”。联合国对外界说是外星来的巨大陨石撞击，其实是葛城探险队在南极意外地发现了亚当（第一使徒）的胚胎，结果因故发生大爆炸。
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年被其父源堂呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。碇真嗣和身为NERV司令官的父亲碇元渡有十年的时间都不在一起，面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是∶“坐上EVA。"消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定......
第1话：使徒袭来（使徒、袭来）
——ANGEL ATTACK
第2话：陌生的天花板（见知らぬ、天井）
——THE BEAST
第3话：不响的电话（鸣らない、电话）
——A Transfer
第4话：下雨、出走以后（雨、逃げ出した后）
——Hedgehog's Dilemma
第5话：丽、心的背面（レイ、心のむこうに）
——Rei Ⅰ
第6话：决战在第三新东京市（决战、第三新东京市）
——Rei Ⅱ
第7话：人类制造的东西（人の造りしもの）
——A HUMAN WORK
第8话：明日香的来日（アスカ、来日）
——ASUKA STRIKES！
第9话：心在瞬间重叠了（瞬间、心、重ねて）
——Both of You.Dance Like You Want to win！
第10话：熔岩潜行者（マグマダイバ-）
——MAGMADIVER
第11话：在静止的黑暗中（静止した暗の中で）
——The Day Tokyo-3 Stood Still
第12话：奇迹的价值是（奇迹の价值は）
——She said，"Don't make others suffer for
your personal hatred."
第13话：使徒侵入（使徒、侵入）
——LILLIPUTIAN HITCHER
第14话：灵魂，魂之座（ゼ-レ、魂の座）
——WE
AVING A STORY
第15话：谎言与沉默（嘘と沈默）
——Those women longed for the touch of
other's lips and thus invited their kisses
第16话：导致死亡的病、而且（死に至る病、そしで）
——Spilitting of the Breast
第17话：第四适格者（四人目の适格者）
——FOURTH CHILDREN
第18话：命的选择（命の选择を）
——AMBIVALENCE
第19话：男人的战斗（男の战い）
——INTROJECTION
第20话：心的容貌，人的容貌（心のかたち，人のかたち）
——WEAVING A STORY 2 oral stage
第21话： NERV、 诞生 （ネルフ、诞生）
——He was aware that he was still achild
第22话 至少要象个人（せめて、人间らしく）
——Don't Be
第23话 泪（泪）
——Rei III
第24话 最后的死者 （最后のシ者）
——The Beginning and the End, or Knodkin' on Heven's Door
第25话：世界的终结
——Do you love me?
最终话：在世界中心喊"我"
——Take care of yourself.
剧场版介绍：
新世纪エヴァンゲリオン DEATH & REBIRTH シト新生 (使徒新生)
DEATH是一部大约70分钟的24集TV版的改编总集篇。大约有20分钟新的镜头，其余的仍是原有TV版的画面。在DEATH中出现的新镜头是出现于21到24话的导演剪接版的。REBIRTH是与DEATH一起放映的。REBIRTH是The End of Evangelion的头30分钟那部分。
包括了重新制作的25、26话。25话的剧场版的名字是“Air”(天空)而副标题是“Love isdestructive”(爱是毁灭)剧场版的26话的名字是“Your Sincerely”(真心对你)。最后一话则有它自己的名字“OneMore Final: I needyou”。剧场版的每话都和TV版一样有一个“eye-catch”镜头(即每集中间那个黑底白字的英文标题)。这部电影标志着整部EVA的终结。
